A Baía de Guanabara é conhecida desde que as primeiras expedições exploradoras foram enviadas ao Brasil.
Era janeiro quando os desbravadores do ultramar alcançaram suas águas pela primeira vez. A crença de estarem diante da foz de um grande rio teria determinado o nome dado à região: Rio de Janeiro. Seu potencial estratégico tardou a ser considerado; contudo, por ele uma longa disputa seria travada. Conquistada, a nova terra receberia, também, o nome de seu santo padroeiro.
A cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro foi fundada em 1º de março de 1565, data em que [o militar português] Estácio de Sá desembarcou com sua armada entre os morros Cara de Cão e Pão de Açúcar, lançando ali as bases da nova urbe. Tratava-se de um pequeno arraial com foros de cidade e função militar, erguido para organizar a ofensiva aos franceses, estabelecidos na Baía de Guanabara desde 1555, onde pretendiam criar uma colônia francesa, a França Antártica.
A ameaça francesa aos seus domínios no Novo Mundo obrigava a Coroa portuguesa a adotar uma nova política com relação à região, que atravessou a primeira metade do século XVI relativamente abandonada. Para garantir o seu controle seria necessário integrá-la ao empreendimento colonial luso através da sua povoação e colonização efetivas, propósito ao qual se esperava que a cidade recém-fundada respondesse.
De sua fundação ao confronto derradeiro que selou a vitória portuguesa, transcorreriam, entretanto, dois anos e muitas batalhas nas quais ambos os lados em combate se aproveitaram das rivalidades já existentes entre dois grupos indígenas locais, os Tupinambás e os Tamoios.